1950年6月7日,广州基督教抗美援朝三自革新运动委员会成立,后改称广州基督教三自爱国运动委员会(简称三自会)。1981年2月,广州市基督教协会(简称市基协)成立。广州市基督教三自爱国运动委员会和广州市基督教协会并称为“广州市基督教两会”,实行合署办公。
广州市基督教两会坚持自治、自养、自传的“三自”办教原则,紧扣基督教中国化主线,不断强化各项事工实践,团结带领广大信徒践行社会主义核心价值观,走与社会主义社会相适应道路,藉爱国爱教、荣神益人的信仰实践,为主做出新时代的美好见证。
2024年4月1日,广州市基督教两会召开广州市基督教第十四次代表会议。选举产生了广州市基督教三自爱国运动委员会第十四届常务委员会委员和广州市基督教协会第十届常务委员会委员及新一届市两会领导班子。